Pharmacosmos wurde 1965 von Dr. med. Henry Christensen gegründet, der 1993 von seinem jüngsten Sohn Dr. med. Lars Christensen als CEO abgelöst wurde. Das Unternehmen ist seit seiner Gründung ein unabhängiges Familienunternehmen geblieben.
Die erste 500 m2 große Produktionsstätte – am Standort Viby in Dänemark - wurde 1965 in einer ehemaligen Molkerei in einem kleinen Dorf etwa 40 Kilometer vom heutigen Standort Holbaek entfernt errichtet. Die ursprüngliche Produktionsstätte wurde 1973 auf ca. 1800 m2 erweitert.
Das Unternehmen erhielt schon früh die GMP-(Good Manufacturing Practice) Zulassung des dänischen Gesundheitsministeriums, gefolgt von einer Reihe von US-FDA-Zulassungen nach der ersten Inspektion in 1983.
Am 1. Februar 2017 gründete Pharmacosmos die Pharmacosmos GmbH, eine Tochtergesellschaft mit Sitz in Wiesbaden, um ihre Produkte zur Behandlung von Eisenmangel und Eisenmangelanämie in Deutschland zu vermarkten und zu vertreiben.
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